Obecny kościół pochodzi z XIV w.
Do końca wieku XVIII otoczony był cmentarzem parafialnym.
Łączył się z zabudowaniami klasztornymi braci duchaków korytarzem wspartym na czterech arkadach.
To tutaj znajduje się XV-wieczna chrzcielnica z brązu czy przedstawienie Speculum Peccatoris.
Wreszcie, jest to jedyny w Krakowie kościół, którego sklepienie wspiera się na jednej tylko kolumnie.
Przy ulicy Św. Krzyża 23 stoi najstarszy w Krakowie budynek mieszkalny – świętokrzyska plebania. Ten gotycki dom dotykał murów obronnych miasta, o czym świadczą zachowane wąskie okienka i grube kamienne ściany.
Na ścianie nawy znajduje się jedyne w Polsce przedstawienie Speculum Peccatoris - Zwierciadło Grzesznika.