Późnorenesansowy ołtarz św. Andrzeja znajduje się w kaplicy św. Andrzeja po lewej stronie kruchty.
Tryptyk ten pochodzi z ok. 1600 r.
Został zrekonstruowany na podstawie zachowanych fragmentów najprawdopodobniej w latach 50. XX w., by 40 lat później przejść gruntowną renowację.
Na mensie, w ozdobionej trójkątnymi przydatkami predelli umieszczony jest namalowany na desce obraz Ostatniej Wieczerzy.
Typowe XVII-wieczne retabulum składało się z dwóch par skrzydeł – jednej osadzonej w ruchomych kolumnach (obracających się na osiach) i drugiej nieruchomej.
Skrzydła ruchome są dwustronne, mają po dwie kwatery z każdej strony.
Cztery zewnętrzne przedstawiają sceny z życia Maryi, cztery wewnętrzne – z życia Jezusa.
Skrzydła nieruchome były mniejsze i mieściły posągi św. Zofii z lewej strony i św. Pawła z prawej.
Część środkową ołtarza wypełniał obraz Ukrzyżowania, zastąpiony później Męczeństwem św. Andrzeja (XIX w.).
Podczas ostatniej renowacji przywrócono Ukrzyżowanie, niestety nie w oryginale, a w XIX-wiecznej kopii.
W zwieńczeniu widoczny jest obraz Przemienienia Pańskiego.
Czarny ze złotymi zdobieniami ołtarz Matki Bożej Loretańskiej znajduje się w kaplicy po prawej stronie kruchty.
Pochodzi z XVII w. (barok), został konsekrowany w 1685 r.
Prawdopodobnie podczas prac konserwatorskich w latach 1896-98 usunięto pierwotną mensę murowaną, zastępując ją kamienną, neoromańską.
Środkowy obraz (Matka Boża Loretańska) został namalowany w tym samym czasie, w którym powstawał ołtarz.
Niestety nie zachowała się srebrna (najprawdopodobniej) nakładana sukienka.
Zwieńczenie zawiera wizerunek Chrystusa Bolesnego.
W ołtarz wmontowane zostało XIX-wieczne tabernakulum.
Obecne antepedium, przedstawiające Matkę Bożą z Dzieciątkiem w otoczeniu ornamentów roślinnych, umieszczono w ołtarzu dopiero po roku 1971.
Być może pochodzi ze zburzonego kościoła Świętego Ducha.
Złocony wczesnobarokowy ołtarz św. Anny usytuowany jest po lewej stronie nawy.
Pochodzi z połowy XVII w. (konsekracja w 1685 r., bp Mikołaj Oborski).
Zawiera trzy olejne obrazy na płótnie.
W centrum znajduje się Nauczanie Marii (ok. 1650 r.),
w predelli wizerunek św. Cecylii (1650 r.);
w zwieńczeniu natomiast mieści się obraz Najświętszej Marii Panny ze św. Anną i św. Joachimem.
Stojący po prawej stronie nawy ołtarz Matki Bożej Piekarskiej pochodzi z ok. 1630 r.;
wykonano go w warsztacie snycerskim Baltazara Kuncza.
W całości złocony, reprezentuje późną fazę krakowskiego manieryzmu.
W predelli umieszczony jest Powrót Świętej Rodziny z Egiptu,
natomiast w polu nastawy wizerunek Matki Bożej z Dzieciątkiem, Hodegetria.
Obraz ten został wykonany na drewnie.
Pierwotnie miał nieco inny kształt – tablica zamknięta była trójkątnie; nie zachowało się tło.
Datowany jest na ok. 1430 r.
Podczas ostatniej renowacji (1996 r.) usunięto z ołtarza późnobarokową glorię z XVIII w.
Grawerowana płycina ozdobiona jest główkami aniołków z pozłacanymi włosami.
W tle namalowany na ścianie baldachim.
Barokowy ołtarz główny został ukończony w 1698 r. (konsekracja w 1685 r.).
Ma czarną strukturę i złoconą snycerkę.
Klasycystyczne tabernakulum pochodzi z XVIII w.
W środkowej części umieszczony jest rzeźbiony Chrystus na krzyżu (I poł. XVII w.),
w tle płótno przedstawiające Jerozolimę, ozdobione dodatkowo złoconymi słońcem i księżycem.
W zwieńczeniu znajduje się obraz Niesienie Krzyża, namalowany na podstawie ryciny Aleksandra Voeta I
oraz – na samym szczycie – figury archanioła Michała i czterech aniołów.
Po lewej stronie ołtarza stoi posąg św. Wojciecha, a po prawej św. Stanisława, patronów Polski.
W nawie znajdują się cztery zespoły stall późnogotyckich z początku XVI w.
Zachowały się tylko ich dolne części z pięknie zdobionymi kolumienkami.
Jest to jeden z dwóch przykładów tak starych stall w Krakowie.
Pochodzące z II ćw. XVII w. stalle w nawie pierwotnie znajdowały się w kościele Świętego Ducha.
Zostały tu przeniesione dopiero między 1748 a 1832 rokiem.
Ich strukturę wykonano z drewna iglastego, snycerkę zaś z lipowego.
W całości pokryte są ciemną olejną polichromią i złoceniami.
Obrazy w zapleckach przedstawiają sceny związane z powstaniem Zakonu Ducha Świętego.
Stalle w prezbiterium wraz z tronem prepozyta dekoracją chóru datowane są na II ćw. XVIII w.
Powstały przed 1748 r., najprawdopodobniej ok. 1722.
Elementy te wykonane są z drewna pomalowanego czarną farbą olejną.
Wszystkie obrazy w stallach wiążą się z duchakami;
tworzą dwa cykle: dot. bł. Gwidona z Montpellier (po stronie północnej) i św. Marty (na ścianie południowej).
Obrazy w medalionach wykonane są na deskach, pozostałe na płótnie.
Bardzo rzadkim zabytkiem są ławki z 2 ćw. XVII w.
Usytuowane w nawie nie zwracają na siebie uwagi,
tym bardziej, że ich zdobnictwo ogranicza się do skromnej dekoracji ornamentalnej i płycinowej.
Północną ścianę nawy urozmaica pięknie rzeźbiona i polichromowana późnorenesansowa ambona z I ćw. XVII w.
Jest ciemnobrązowa, ma liczne złocenia.
Korpus zdobią przedstawienia czterech Ewangelistów i Chrystusa.
Baldachim wieńczy figura św. Jana Chrzciciela.
Kazalnica ta jest jednym z najstarszych tego typu zabytków w naszym mieście.
Gotycką chrzcielnicę z brązu wykonał w 1423 r. ludwisarz krakowski Jan Freudenthal.
Jest ona najbardziej bogato ozdobionym gotyckim wyrobem ludwisarskim w Krakowie.
Dekorują ją przedstawienia Adama i Ewy, Zwiastowania, Ukrzyżowania,
świętych Piotra, Pawła, Macieja, Tomasza, Jerzego, Barbary, Katarzyny, dwóch innych świętych,
prawdopodobnie Doroty i Agaty.
Jest także godło duchaków.
Nie zachowała się oryginalna podstawa chrzcielnicy.
Obecna jest, podobnie jak i pokrywa, neogotycka (XIX w.).
Jednym z najstarszych w Krakowie jest także pięknie zdobiony późnorenesansowy konfesjonał z XVI w. z kaplicy św. Zofii.
Pierwotnie stał w innym miejscu świątyni, niestety nie udało się ustalić, gdzie.
Pewne jest, że zajmował wnękę większą niż obecnie.
U szczytu ściany tęczowej wisi gotycki krucyfiks datowany na koniec XV w.
Zdobi go barokowy titulus.
Rzeźba przedstawiająca Ukrzyżowanego Jezusa wykonana została w drewnie lipowym.
Postać Pana jest naturalnej wielkości, polichromia ma kolor autentycznie cielisty.
Cechuje ją niesamowita wręcz dbałość o szczegóły.
Pierwotnie krucyfiks ten był wyeksponowany prawdopodobnie w łuku tęczy, następnie gdzieś go przeniesiono,
by w 1839 r. umieścić go w miejscu, gdzie znajduje się obecnie.
Drewniane figury Matki Bożej i św. Jana Ewangelisty, umieszczone po bokach ołtarza głównego,
pochodzą z 1520 r.
Przeznaczone są do oglądania tylko z przodu,
gdyż pozornie zachowując wielkość i proporcje człowieka, spłaszczają się, gdy spojrzy się na nie z boku.
Podczas renowacji w 1994 r. przywrócono postaciom pierwotny wygląd i uzupełniono ubytki.
U Świętego Krzyża znajdują się dwa lawaterze (umywalnie kapłańskie).
Pierwszy z nich, renesansowy z 1581 r. pochodzi ze zburzonego kościoła Ducha Świętego.
Wykonano go z kamienia pińczowskiego, mierzy 180 cm wysokości i ma bogatą dekorację rzeźbiarską.
Podczas prac konserwatorskich pod koniec XIX w. wmurowano go w południową ścianę kruchty.
Drugi, unikatowy, ozdobiony chrząstkowo-małżowinowym ornamentem, można podziwiać w zakrystii.
Datowany jest na połowę XVII stulecia.
W prezbiterium nad wejściem do zakrystii wisi obraz św. Jadwigi.
Pochodzi z I poł. XVII w., jest olej na drewnie.
Niemożliwością jest ustalenie, którą Jadwigę przedstawia.
Prawdopodobnie jest to połączenie Jadwigi Śląskiej z Jadwigą Andegaweńską, co świadczy o nakładaniu się kultów obu świętych w tamtym czasie.
Tuż obok znajduje się obraz Matki Boskiej Bolesnej.
Zachował on dawną, dość potężną XVII-wieczną ramę.
W dolnej części przedstawienie św. Magdaleny.
W kaplicy Matki Bożej Loretańskiej stoi figura Pana Jezusa Frasobliwego, czczona tutaj od początku XVI w.
Takie przedstawienie jest charakterystyczne dla kościołów duchackich.
Godnymi uwagi elementami wystroju świątyni są jeszcze XVI-wieczne drzwi (główne),
gotycki portal nad wejściem na chór muzyczny,
a także powstałe ok. 1517 r. skrzydła późnogotyckiego tryptyku, pochodzące z nieistniejącego już wawelskiego kościoła św. Michała, usytuowane ponad wspomnianym wcześniej portalem.
Jednym z nowszych przedmiotów jest rzeźba Piety Katyńskiej, wykonana w 2000 r. przez prof. Cz. Dźwigaja.
Obecnie wypełnia ona wnękę ołtarzową w kaplicy św. Zofii.
1Definicje pochodzą ze Słownika Języka Polskiego.
Kościół w roku 1244 został oddany duchakom.